然而，值得注意的是，保证金的退还并不是绝对的。如果分公司在合作期间存在违规行为或违反合同约定，总公司有权依据合同规定，从保证金中扣除一定的违约金或赔偿款项。这样的安排旨在保护总公司的合法利益，防止因分公司的不当行为导致的潜在损失。例如，若分公司在经营过程中未能按照合同约定提供应有的服务，或是侵犯了其他企业的合法权益，总公司有权以保证金作为赔偿依据，从而在一定程度上降低其损失的风险。